Ostra reakacja polski
Dopiero kiedy w Niemczech przestraszono się ostrej reakcji ze strony Polski, zaczął się polityczny odwrót. Polityczni decydenci - przede wszystkim obaj prezydenci - starali się teraz ograniczyć szkody, nadając problemowi centrum niższą rangę, pozbawiając go siły oddziaływania poprzez abstrakcyjną formułę, wedle której Centrum miało zostać zastąpione "siecią" istniejących instytucji naukowych. Szefowie obu rządów, Schröder i Belka, powołali komisję ekspertów, którzy wydali opinię prawną mówiącą, że pozwy o odszkodowania złożone przez wypędzonych są bezpodstawne. Rząd niemiecki nie spełnił jednak życzenia Warszawy, aby wewnętrznie uregulować kwestię roszczeń odszkodowawczych.Debata na temat Centrum przeciw Wypędzeniom na trwałe zepsuła atmosferę stosunków polsko-niemieckich. To strona niemiecka otworzyła na nowo "wojenny rozdział" - który wedle Bartoszewskiego wydawał się już zamknięty - przyjmując, że właśnie w ten sposób powstanie przyszły projekt stosunków polsko-niemieckich. Była to całkowicie błędna ocena sytuacji, nie tylko ignorująca to, co już osiągnięto w dialogu o wojnie i wypędzeniach, ale przede wszystkim ukazująca bezradność w momencie, kiedy przyszło definiować nowe projekty i nowe cele dla stosunków polsko-niemieckich.
Bilans stosunków polsko niemieckich od 1989 do 2005 r. jest niejednoznaczny. Polska i Niemcy wykorzystały wiele szans, które wynikały z nowego sąsiedztwa. Oba kraje stały się w ciągu niewielu przecież lat partnerami w NATO i Unii Europejskiej. Stojąca na wysokim poziomie współpraca ponadgraniczna sprawiła, że szybko zapomniano, jaka atmosfera panowała wokół granicy, która jeszcze dziewiętnaście lat temu była całkowicie nieprzepuszczalna. Gospodarcza wymiana między obu państwami dynamicznie wzrosła i przyniosła korzyści obu stronom. Jeśli chodzi o wymianę kulturalną, wymianę młodzieży czy wiele innych obszarów, stosunki polsko-niemieckie rzeczywiście można określić jako zwieńczone sukcesem. Trzeba też pamiętać, że wszystko to stało się w relatywnie krótkim czasie. Mimo to stosunki polsko-niemieckie nie w każdym aspekcie spełniły oczekiwania, które z nimi wiązano. Hasło "wspólnoty interesów" nie odgrywa już dzisiaj żadnej roli. Odmienne, a czasem nawet przeciwstawne stanowiska, które uwidoczniły się podczas wojny w Iraku oraz dyskusji wokół Konstytucji Europejskiej, pokazały że właśnie w najistotniejszych kwestiach politycznych nie można było osiągnąć porozumienia.